Původně měla být rekonstrukce dokončena o dva roky dříve, ale průzkumné vrty do základového zdiva ukázaly, že stavba je havarijním stavu. Musela být provedena řada průzkumů vedle geologického a stavebně technického i průzkum mykologický a restaurátorský.
Při sanaci základů stavaři provedli pilotáž beraněnými helikálními pilotami z duralu. Podle nového návrhu byly navíc etapovitě provedeny železobetonové patky. Ze zaměření vyšlo, že sloupy ve velké konírně jsou různě posedané, mezi nejvíce a nejméně sednutým sloupem byl rozdíl cca 30 cm. V průběhu realizace se monitorovala napjatost provizorních táhel. Měření i projev stavby si vyžádalo doplnění podepření kleneb v 1NP a venkovních vzpěr obvodových zdí.
Stavařům prošlo pod rukama 2000 tun materiálu a více než 1 milion cihel
Nejen průzkumné vrty potvrdily havarijní stav hospodářského dvora zákupského zámku. Stav dřevěných konstrukcí a krovů byl výrazně horší, než se předpokládalo. Z toho důvodu došlo k navýšení objemu řeziva pouze na trámech pro krovy a stropy o zhruba 160 m3. Krov nad východním křídlem je pak zcela nový.
V rámci stavebních prací byly vyměněny i násypy kleneb. Z prvního patra jižního křídla hospodářského objektu vytěžili stavaři přes 1000 tun materiálu. Po opravě kleneb tam pak bylo opět 1000 tun jiného materiálu nasypáno.
S respektem k historii probíhaly i zednické práce. Kromě zvětšeného rozsahu nutného přezdívání stěn a korunní římsy, došlo k výrazně většímu přezdění stávajících kleneb a klenebných oblouků vč. jejich náběhů nad sloupy. Kvůli přezdívání náběhů kleneb naši stavitelé dokonce vyvinuli rektifikační ocelové vynášecí prstence, které z velké části převzali zatížení od kleneb, čímž umožnily postupnou výměnu nedostatečně únosných cihel v klenebných nábězích nad sloupy. Původní uvažovaná plocha přezdění kleneb byla cca 250 m2, realita byla ovšem výrazně vyšší. Ve výsledku bylo přezděno přes 1000 m2 a celkově bylo na stavbu dovezeno přes 1 000 000 kusů cihel.
Objekt, který před rekonstrukcí patřil mezi nejohroženější památky v Česku má kompletně obnovenou statiku. Kromě sanace základů pilotamy, přezdění kleneb, klenebných oblouků, korunních říms a některých příčných zdí, byl celý objekt silně ztužen. Rovněž bylo obnoveno ztužení v rámci krovu, konkrétně opravenými/doplněnými vaznými trámy. V úrovni stropů nad 2NP byla obnovena trámová táhla a o patro níže v úrovní kleneb jsou zavedena nová ocelová táhla. Nechybí ani dodatečné vyztužení helikální vlepovanou nerezovou výztuží. Do zděných konstrukcí stavaři zanesly více než 15 km výztuže.
V rámci rekonstrukce byl objekt vybaven systémy EPS, EZS, CCTV. Byla realizována vodovodní, kanalizační (splašková) a silnoproudá přípojka.
Památková obnova velkorysého hospodářského dvora byla provedena s respektem k historickým hodnotám s vyloučením zásahů do památkové i duchovní podstaty objektu.
Zachráněné jižní křídlo hospodářského dvora v Zákupech si připisuje i jeden rekord. Křídlo je dlouhé 150 metrů a je tak nejdelší světskou barokní budovou v České republice.
Podle kastelána zákupského zámku Vladimíra Tregla jsou větší už jen církevní stavby, například novoměstská jezuitská kolej na Karlově náměstí v Praze nebo jezuitská kolej v Kutné Hoře.
Zhruba polovinu stopadesátimetrové délky zachráněné části zákupského dvora tvoří pouze velká konírna.
